În anii 30 ai secolului trecut, cunoscutul teolog roman Ioan Dinu, susţinut de alţi ctitori, a amenajat Peştera Sfântului Andrei drept paraclis, ridicând o turlă din cărămidă deasupra peşterii şi amenajând intrarea printr-un zid de închidere, cu portic. În acest fel, i-a redat conturul unei adevărate biserici primare naturale.
În anul 1944, vrednicul de pomenire Chesarie Păunescu, episcopul Constanței a sfinţit acest aşezământ de importanţă istorică de pe pământul Dobrogei şi i-a pus atunci numele de „Peştera Sfântului Apostol Andrei”.
Regimul comunist a desfiinţat acest aşezământ, dar nu l-a putut şterge din memoria colectivă. Astfel, în anul 1990, prin râvna cuviosului monah Nicodim Dincă, peştera a fost redată cultului şi, în apropierea peşterii, s-a creat un schit care, în urma demersurilor făcute de Arhiepiscopia Tomisului către Sfântul Sinod, în anul 1993 a fost transformat în Mănăstirea de călugări „Peştera Sfântului Apostol Andrei”.
În acest timp s-a construit al doilea corp de chilii pentru călugări şi gospodării anexe, iar în anul 1995, pe 27 septembrie, s-a sfinţit primul paraclis construit aici şi pus sub ocrotirea Maicii Domnului. Cu acest prilej, Protosinghelul Neofit Oana a fost numit şi instalat stareţ al mănăstirii Sfântul Andrei.
Lucrurile cele mai de preţ ale aşezământului sunt tradiţia, peştera, izvoarele în care au fost botezaţi primii creştini şi urmele vechilor chilii în care s-au rugat ucenicii Apostolului Andrei.